国税庁が、令和２年７月から令和３年６月までの１年間（令和２事務年度）において、資料情報等から申告額が過少と想定される事案や、申告義務がありながら無申告と思われるものなど5106件（前事務年度比52.0％減）を実地調査した結果、うち87.6％に当たる4475件（同50.7％減）から1785億円（同41.4％減）の申告漏れ課税価格を把握したことが明らかになった。加算税66億円を含む482億円（同29.3％減）を追徴課税した。

このように、令和２事務年度においては、新型コロナ感染症の影響により、実地調査件数は大幅に減少したが、大口・悪質な不正が見込まれる事案を優先して調査した結果、実地調査１件当たりでは、申告漏れ課税価格が3496万円（前事務年度比22.0％増）と増加し、追徴税額は943万円（同47.3％増）となり、過去10年で最高となった。また、重加算税を賦課した件数は719件（同53.3％減）で、その重加算税賦課対象額は319億円（同44.1％減）。

実地調査を適切に実施する一方、文書、電話による連絡や来署依頼による面接により申告漏れ、計算誤り等がある申告を是正するなどの「簡易な接触」も積極的に取り組んだ。

簡易な接触件数は１万3634件（前事務年度比57.9％増）、申告漏れ等の非違件数は3133件（同37.3％増）、申告漏れ課税価格は560億円（同31.1増）、追徴税額は65億円（同54.8％増）と、いずれも簡易な接触の事績を集計し始めた平成28事務年度以降で最高となった。

一方、申告・納税義務があるのに申告しない無申告事案は、前事務年度より57.1％少ない462件の実地調査を行い、うち88.5％に当たる409件（前事務年度比55.6％減）から455億円（同49.8％減）の申告漏れ課税価格を把握し、61億円（同36.4%減）を追徴課税した。１件当たりの申告漏れ課税価格は9848万円（同17.0％増）で、追徴税額は1328万円（同48.2％増）と、無申告事案に対する集計を始めた平成21事務年度以降で最高となった。